ASSASSIN'S CREED Y EL ORIGEN GNÓSTICO

Este nuevo título está ambientado entre los años 49 a. C. y 44 a. C., durante los reinados de Ptolomeo XIII y Cleopatra
Bayek es el último Medjay, nombre dado a unos guerreros cuyo deber es proteger al faraón, sin embargo, Bayek abandona este deber cuanto descubre que el faraón Ptolomeo XIII es el títere de una oscura y malvada organización llamada "La Orden de Los Antiguos" que busca controlar el mundo mediante la tiranía, pues su filosofía dicta que los humanos son peligrosos y destructivos si se les deja actuar libremente, además, esta orden es la responsable directa del asesinato de Khemu, el hijo de Bayek.
Bayek y su esposa Aya emprenden un viaje por todo Egipto para matar a todos los miembros de la Orden, que ocupan puestos de poder como consejeros del faraón y sacerdotes, entre otros.
Cleopatra aparece poco después del principio del juego y se presenta como una aliada, que es consciente de la existencia de la Orden e incluso ayuda a Bayek dándole información sobre las posibles ubicaciones de los miembros.
Conforme va asesinándolos, Bayek descubre cada vez más sobre los objetivos de la orden, y al final descubre que uno de los miembros de más alto rango, el romano Flavio, fue el que mató a su hijo. Además, también descubre que Julio César es el Sabio (el rango más alto) de la rama romana-egipcia de la Orden.
Aya va a Roma y mata a Septimio, un miembro de la orden que participó en la batalla del Nilo, después participa en el asesinato de Julio César, siendo ella la primera en apuñalarlo.
Tras todo esto, Aya descubre que Cleopatra es también parte de la Orden y la asesina utilizando una serpiente, aunque esto no se ve en el juego, sino que se explica en Assassin's Creed 2.
Una de las últimas escenas del juego principal muestra a Bayek y Aya sentados en la playa, hablando de todo lo que ha pasado y de cómo debería haber alguien que frustre los planes de todos los tiranos en el futuro. Es entonces cuando llegan a la conclusión de que, aunque ellos acabarán muriendo como las demás personas, pueden dejar un legado y sobre todo unas ideas, porque las ideas nunca mueren. Estas ideas son el libre albedrío y la inexistencia de una verdad absoluta, en ese momento se fundan "Los Ocultos". Bayek y Aya creen que verse de nuevo entorpecería su nueva labor, por lo que prometen ir por caminos separados por el resto de su vida, Bayek tira a la arena el amuleto que llevó durante todo el juego, un cráneo de águila, y al levantarlo, ve que ha formado en la arena el símbolo que se convertiría más tarde en el que identificaría a los Ocultos, y siglos después, a la Hermandad de los Asesinos.