נשיא ברזיל ז'איר בולסונארו אני לא מתחסן ובחוזה פייזר רשום שהם לא אחראים לתופעות הלוואי

בסוף פברואר 2020 החלה שביתה כללית של שוטרים במדינת סיארה. השוטרים דרשו העלאה מיידית בשכרם מצד הממשל הפדרלי ובעודם שובתים פרעה הפשיעה ברחבי המדינה. בולסונארו הורה על שליחת 2,500 חיילים של הכוחות המזוינים לסיארה בכדי לשמור על הסדר הציבורי. 147 אזרחים נהרגו בתוך חמישה ימים ובין לבין נהרג גם הסנאטור סיד גומז כאשר ניסה לפזר הפגנה[60]. בתגובה לפשעים אמר בולסונארו "לאנשים שמבצעים את הפשעים – עליכם להבין שהגברים בירוק באים, וזה הולך להיות מגעיל[61]." בסופו של יום הצבא השתלט על אי הסדרים במדינה בעוד הממשל סירב להיענות לדרישות השוטרים.

לנוכח התפרצות נגיף הקורונה החדש בברזיל, יצא בולסונארו במרץ 2020 בהצהרה כי: "אין סיבה להיבהל" וכי אנשים "חייבים להקפיד על המלצות המומחים כאמצעי ההגנה הטוב ביותר[62]." ב-12 במרץ דווח כי פאביו וויינגרטן, מזכ"ל העיתונות של בולסונארו, אובחן חיובי לנגיף הקורונה. בשל כך, הוא היה במגע עם הנשיא והקבינט שלו. וויינגרטן היה במגע גם עם נשיא ארצות הברית, דונלד טראמפ וסגן הנשיא של ארצות הברית, מייק פנס, במהלך ביקורו של בולסונארו במיאמי ב-7 במרץ והעלה חשש שהוא עלול להדביק אותם[63]. ב-13 במרץ בולסונארו נבדק בבדיקת גילוי נגיף הקורונה, ותוצאותיה יצאו שליליות[64][65]. משרד הבריאות פרסם אזהרה בה המליץ ​​לברזילאים וזרים המגיעים לברזיל להישאר בבידוד לפחות 7 ימים[66]. ב-24 במרץ, פרסם הנשיא ז'איר בולסונארו הודעה פומבית שלישית, ומתח ביקורת על הממשלות המקומיות על הנפקת הסגר בשל "שפעת קטנה", והאשים את התקשורת בהפחדת האוכלוסייה[67]. בולסונארו טען שהדר סגר מחמיר בארצו יוביל לכך שהאנשים ימותו מרעב בבתיהם והמדינה תקרוס כלכלית.

ב-6 באפריל 2020 התלקחו עימותים בין בולסונארו לשר הבריאות, לואיז אנריקה מנדטה, אשר טלטלו את הממשלה והחברה. הנשיא איים לפטר את השר[68], אך החזיר אותו לאחר התנגדות פוליטית[69]. ב-16 באפריל פיטר בולסונארו את מנדטה, בגלל חילוקי דעות ביחס להנחיות להתרחקות חברתית[70]. הוא אמר שהוא ימנה שר בריאות שתומך בפתיחת עסקים מחדש "מהר ככל האפשר[71]." זמן קצר לאחר מכן מונה נלסון טייץ' (אנ') להחליף אותו[72]. ב-20 באפריל בולסונארו, ללא מסיכה, הצטרף להפגנה נגד סגר הקורונה. בולסונארו התנגד למגבלות שהטילו מושלי מדינות שונים[73][74]. ב-7 ביולי הודיע בולסונארו כי נדבק בנגיף הקורונה[75]. הוא הבריא ואז פורסם שאשתו נדבקה[76]. ב-9 באוגוסט בית המשפט העליון והקונגרס, שביקרו את הטיפול של בולסונארו במגפה, הכריזו בהתאמה על על שלושה וארבעה ימי אבל לאומיים בעקבות ציון הדרך העגום של 100 אלף מתים. הנשיא לא התייחס לכך בפומבי[77].

בינואר 2021 החלה התפרצותו של זן חדש של הנגיף אשר נחשד בהיותו מדבק יותר מקודמיו. במרץ, כאשר כמות הנדבקים חצתה שחקים פעם נוספת, יצא בולסונארו בהצהרה פומבית ובה אמר: "מספיק לדאוג ולבכות. כמה זמן עוד תישארו בבית ותסגרו הכול? אי אפשר לסבול את זה יותר[78]." ביוני 2021, מספר המתים חצה את חצי המיליון[79].