Metal Slug 3 Gameplay.

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Enredo
Vários anos atrás, o malvado General Morden foi frustrado em sua tentativa de golpe de Estado contra os governos do mundo pela Força de Ataque do Falcão Peregrino. Depois de formar uma aliança com uma raça alienígena em uma tentativa de encenar outro golpe, Morden foi traído e feito prisioneiro por seus novos aliados. Suas tropas rebeldes formaram uma aliança ad hoc com a Força de Ataque e os alienígenas foram derrotados e Morden foi morto. Fundamentais para derrotar Morden durante o primeiro golpe foram o Cpt. Marco Rossi e o Tenente Tarma Roving. Rossi (agora um major) e Roving (agora um capitão) lideraram a luta contra os Morden durante o segundo golpe, acompanhados por dois membros do Esquadrão de Operações Especiais da Agência de Inteligência S.P.A.R.R.O.W.S.; Sargento Eri Kasamoto e Sargento de 1ª Classe Fiolina Germi.

Vários anos se passaram desde então, e Morden é listado como desaparecido por seus seguidores sobreviventes. Determinado a acabar com todos os remanescentes da base de poder de Morden, o exército envia Rossi e Roving para destruir todas as fortalezas rebeldes restantes, uma a uma. Durante os combates, no entanto, Rossi e Roving chegam à conclusão de que o inimigo está muito bem organizado, e talvez Morden não esteja morto como se pensava inicialmente. Enquanto isso, os S.P.A.R.R.O.W.S. se deparam com uma série de eventos estranhos que levam o exército a concluir que os alienígenas com quem Morden uma vez se aliou retornaram.

A Peregrine Falcon Strike Force e a S.P.A.R.R.O.W.S. estão mais uma vez unidas e enviadas para derrotar essa nova ameaça. Depois de várias batalhas contra as forças de Morden, os heróis enfrentam Morden. Depois de derrotá-lo, é revelado que era um alienígena disfarçado, e o verdadeiro Morden foi feito prisioneiro pelos alienígenas. Os alienígenas abduziram o personagem do jogador e deixam a Terra. Neste ponto, outro personagem toma o lugar do personagem do jogador. Uma aliança ad hoc é formada entre a Força de Ataque e as tropas de Morden, de modo a salvar seus camaradas capturados. Os rebeldes lançam uma armada de foguetes para atacar a nave-mãe alienígena, Rugname. Depois de uma longa batalha pelo interior do navio, o Rugname começa a entrar em colapso devido à quantidade de danos que sofreu. Depois de destruir o núcleo da nave, a Strike Force deve lutar através de exércitos de clones de seu companheiro de equipe capturado, alguns dos quais se transformaram em zumbis. Tanto o membro capturado da Força de Ataque quanto Morden são libertados. Quando eles escapam, eles são confrontados pelo líder dos alienígenas, Rootmars. Uma batalha se segue na atmosfera da Terra, que é vencida pela Força de Ataque, que deixa o corpo de Rootmars no oceano. Ao ver Morden e seus homens comemorando, o personagem do jogador joga sua arma na água com nojo.